Le jardin est né d’une découverte fortuite. En 1967, les travaux du centre commercial Centre Bourse font surgir d’importants vestiges : fortifications grecques, enclos funéraires, rives de l’ancien port. Environ 10 000 m² sont classés monuments historiques, mais les 20 000 m² restants sont sacrifiés au chantier, après une dizaine d’années de fouilles menées par les services des Antiquités et le CNRS. Un jardin dessiné par le paysagiste Joël-Louis Martin ouvre en 1983, puis rouvre en septembre 2019 après un an de rénovation.
Le site révèle d’abord l’ancien port. La corne du port, aujourd’hui engazonnée, s’enfonçait alors dans les terres. Les quais conservés, longs de 180 m, datent de l’époque romaine et gardent des escaliers pour décharger les marchandises. Le plan d’eau s’est peu à peu envasé, devenant un dépotoir ; une embarcation de 23 m y est laissée vers le IIIe siècle. Extrait des fouilles et conservé par lyophilisation, il est exposé au musée d’histoire de Marseille.
Le rempart raconte, lui, plusieurs reconstructions successives. La première muraille, à la fin du Ve siècle av. J.-C., est refaite au IVe siècle av. J.-C. Au IIe siècle av. J.-C., une enceinte en calcaire rose du cap Couronne, acheminé par bateau, défend la ville face au siège mené par César en 49 av. J.-C., et demeure en fonction pendant des siècles, jusqu’à l’aube du Moyen Âge. Le jardin présente aussi deux tours, le mur de Crinas, une voie dallée, un bassin d’eau douce et des terrasses funéraires.