Génomes anciens d’Équateur : 1 500 ans de continuité génétique sur la côte Pacifique

Quatre génomes issus du site de Salango

L’étude, dirigée par John Lindo et ses collègues, repose sur le séquençage de quatre génomes provenant d’individus exhumés à Salango, sur la côte centrale de l’Équateur. Ces restes humains se répartissent sur trois périodes distinctes, environ 2 300 ans, 1 900 ans et 740 ans avant aujourd’hui, ce qui permet d’observer l’évolution d’un même peuplement sur la longue durée.

Selon les auteurs, les quatre génomes se regroupent avec des populations anciennes et actuelles d’Équateur, de Colombie et du Pérou. Cette proximité s’inscrit dans ce que les chercheurs appellent un continuum génétique du nord-ouest de l’Amérique du Sud, un espace où les groupes humains partagent une ascendance commune. Pour l’archéologie, cette cohérence génétique offre un cadre solide pour relier des sociétés côtières souvent étudiées de façon isolée.

Une continuité malgré les bouleversements

Les quatre individus présentent des similitudes génétiques marquées, ce qui suggère une continuité de la population de Salango sur la durée. Cette stabilité est remarquable, car la période a été marquée par de profonds changements, tant culturels qu’environnementaux.

Parmi les événements évoqués figurent les conséquences de l’éruption du volcan Pululahua, survenue il y a environ 2 360 ans, l’émergence de chefferies, ainsi que le développement des échanges maritimes et terrestres. Ces transformations auraient pu modifier durablement la composition des groupes, par des arrivées ou des mélanges avec d’autres populations. Les génomes indiquent pourtant que le peuplement local a conservé une identité génétique cohérente, ce qui invite à nuancer l’idée d’une rupture profonde provoquée par ces changements.

Une origine remontant à près de 9 800 ans

D’après l’étude, la population de Salango aurait divergé d’autres populations amérindiennes du Sud il y a environ 9 800 ans. Cette estimation situe l’ancienneté de la lignée génétique locale bien avant l’apparition des sociétés côtières documentées par l’archéologie.

Ce type de datation génétique permet de reconstruire l’histoire des peuplements sans se limiter aux seuls vestiges matériels, souvent fragmentaires sur les littoraux humides de l’Équateur. Les objets, habitats et sépultures donnent une image partielle des sociétés, alors que l’ADN fournit une chronologie des liens de parenté et des migrations, complémentaire des fouilles traditionnelles.

Une trace rare de tuberculose précolombienne

Un autre résultat retient l’attention : l’un des individus, un nourrisson, présentait des lésions osseuses compatibles avec la tuberculose. Les chercheurs ont retrouvé de l’ADN du complexe Mycobacterium tuberculosis et ont pu reconstituer un génome de l’agent pathogène, ce qui constitue une preuve génétique directe de la maladie.

Pour la période précoloniale, ces preuves restent très rares en Amérique. La tuberculose, causée par des bactéries du genre Mycobacterium, laisse rarement des traces osseuses identifiables, ce qui rend cette découverte précieuse pour étudier l’histoire de la maladie et son évolution bien avant les contacts avec les Européens.

Des perspectives pour l’archéologie du Pacifique sud-américain

Selon les auteurs, cette recherche ouvre de nouvelles possibilités pour retracer à la fois l’histoire des populations et celle des maladies infectieuses le long de la côte Pacifique de l’Amérique du Sud. L’approche combine la génétique des populations et la paléopathologie, une discipline qui étudie les maladies à partir des restes squelettiques.

Les futures analyses pourraient élargir l’échantillon à d’autres sites de la région, afin de vérifier si la continuité observée à Salango se retrouve ailleurs sur la côte équatorienne et péruvienne. Pour les visiteurs intéressés, les collections et sites du littoral équatorien offrent une bonne occasion de mettre en perspective ces résultats avec les cultures côtières de la région.